Отец Лев Михайлович Некрасов — ведущий конструктор, мать Мария Ивановна Некрасова (Воронцова) — ведущий инженер. Учился в московской специализированной средней школе № 56 с углублённым изучением английского языка, в одном классе с Татьяной Митковой. После окончания школы работал токарем, грузчиком.

В 1980 году окончил фармацевтический факультет Первого московского медицинского института. Позже служил на военно-медицинском складе, работал в аптеке. С 1985—1989 работал в еженедельнике «Литературная Россия».
В 1989 году вышел первый сборник рассказов в «Современнике». С 1994 работал в еженедельной газете московской интеллигенции «Вечерний клуб»; главный редактор с 2000 года. Член Союза писателей Москвы с 1993 года. В 1998 году окончил Высшие литературные курсы, параллельно с учёбой работал в различных изданиях. Награждён премией журнала «Дружба народов» (1998). В 1998 году номинирован на Букеровскую премию за повесть «Коржик или Интимная жизнь без начальства». Приблизительно в это время Евгений Некрасов начинает писать детские детективы. Первая повесть была написана для сына. Постепенно появилась серия «Суперсыщик по прозвищу Блин» или «Следствие ведет Блин».
После окончания серии о Блине появилась серия повестей «Муха — внучка резидента».

Любимым жанром автора являются, конечно же, детективы, рассчитанные на детей и подростков. Однако в последнее время он также написал ряд фантастических книг, которые можно охарактеризовать как «детские страшилки».